はじめに Input and Output files Input files coordinates <coordinate PDB file> structure<PSF file> parameters<parameter file> paraTypeXplor<パラメーターファイルがX-PLOR形式か？> paraTypeCharmm<パラメータファイルがCHARMM形式か？> velocities<velocity PDB file> binvelocities <binary velocity file> bincoordinates <バイナリ、座標デ</binary></velocity></parameter></psf></coordinate>…